بدون شک میتوان در میان تمام اساتید آیت الله آقا مجتبی تهرانی، رابطه او با امام خمینی (ره) را رابطهای ویژه دانست. رابطهای که از همان آغاز آشنایی منجر به جمعآوری و انتشار تقریرات درس بیع، مکاسب محرمه و اصول امام(ره) توسط حاجآقا مجتبی گردید. همچنین ایشان توسط امام(ره) مامور به جمعآوری فتاوا و تنظیم صحیحترین نسخه رساله عملیه و مناسک حج امام شد.